O paciente com doença celíaca apresenta uma atrofia da mucosa intestinal que leva a um prejuízo na absorção de macronutrientes (como carboidratos, gorduras e proteínas) e micronutrientes (vitaminas e minerais). A atrofia ocorre devido a um processo inflamatório local, decorrente de uma resposta imunológica exacerbada, ativada de forma errônea, contra componentes da mucosa intestinal do próprio indivíduo. É o que se chama de resposta autoimune.
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Esta atividade autoimune só ocorre em indivíduos geneticamente predispostos. Ela pode ser ativada em qualquer momento ao longo da vida e depende do contato do indivíduo com o glúten. O glúten, proteína alimentar presente nos cereais, trigo, centeio, cevada e aveia, é o desencadeador externo da doença celíaca.
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